在验证CRISPR或TALEN效率方面,大部分人采用测序的方法,这种方法可以直观的看到是否已成功敲入/敲除基因。但是这种方法耗费较大,因为无法确保送去的测序的单克隆都是成功完成基因敲入/敲除的。鉴于此,部分厂家,如GeneCopoeia,推出了CRISPR及TALEN缺失检测试剂盒,可以快速低成本的筛选出已成功敲入/敲除基因的单克隆。
试剂盒采用错配检测内切酶来检测细胞因NHEJ修复机制而引入的插入缺失。
首先对靶点区域的序列进行扩增,PCR 产物经过解链和退火后会就会形成带有错配的杂合 DNA。接着再利用T7核酸内切酶I识别并剪切带有剪切有错配的杂合双链DNA。后期如果酶切产物跑胶出现两条长度如预期的较短条带,就意味着 CRISPR / TALEN 成功地在基因组靶点上引入了插入缺失突变(如下图)。
试剂盒包含两个组分,具体使用如下:
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