摘要:中科院昆明植物所蓖麻基因组印记研究成果近日在《Nucleic Acids Research》在线发表。该项目结合重测序、转录组测序和全基因组重亚硫酸盐测序技术,首次揭示了蓖麻胚乳基因组印记现象的分子机理。基迪奥生物为该项目提供高通量测序以及全程个性化生物信息服务。
基因组印记 (genomic imprinting)是一种非常重要的表观遗传学现象之一。在配子或合子发育过程中,来自亲本的等位基因或染色体发生了差异的表观修饰,导致了亲本等位基因的差异表达(即印迹基因)。在植物中基因组印迹主要发生在被子植物的三倍体胚乳组织中,且在胚乳以及种子的发育过程中扮演着重要的角色,但由于拟南芥胚乳随着种子发育很快就消失,所以长期以来一直很难解析双子叶植物基因印迹对胚乳表型影响的生物学意义。
最近,中国科学院昆明植物研究所刘爱忠研究组的博士生徐伟利用典型双子叶胚乳型种子蓖麻,发展了崭新的研究体系,鉴别了大量新颖的印迹基因,通过系统分析植物印迹基因在进化过程的保守性发现了植物印迹基因具有很强的物种特异性。特别是通过基因组的甲基化分析,发现了基因印迹的发生和DNA甲基化密切相关,强烈暗示着DNA甲基化很可能是印迹基因发生的主要驱动力之一。
该研究不但极大地丰富了植物印迹基因及其功能的知识,而且为研究植物基因组印迹发生的生物学意义及其在单双子叶植物中的演化规律提供了重要的研究体系。
该研究得到中国科学院“百人计划”择优支持基金的资助,部分结果以“Genomic imprinting, methylation and parent-of-origin effects in reciprocal hybrid endosperm of castor bean” 为题在线发表在《Nucleic Acids Research上》。
基迪奥生物为该项目提供高通量测序以及流程分析,并在项目全程提供了等位基因甲基化差异分析、基因表达谱与甲基化率关联分析、定制化图表绘制等个性化分析服务,全力推动项目成果发表。