科研宝典第二季——机制研究范例（同学nature文章分析）
机制研究纠错日志发出后，获得了不少人的赞同，包括我一位硕士同学。她发了一篇nature，讨来学习后，发现思路非常清晰，很好的机制研究范文。经不住手痒，就分析下，供大家学习参考。
文章背景：天然免疫发生时会产生细胞因子，这些细胞因子除了激活免疫细胞和募集免疫细胞外，还可以影响血管的通透性。
文章中研究的细胞因子是IL-1β，这个细胞因子激活免疫细胞和募集免疫细胞，是通过已知的一条信号通路，IL-1β，MYD88，NF-kB。
题外话，免疫发生时，血管通透性会增加，这样可以使得血管中的免疫细胞出血管到达炎症部位，这个就是为啥炎症发生时，会水肿的原因之一。
文章提出问题：“IL-1β，MYD88，NF-kB”这条信号通路，对于血管的通透性是否也起到作用。（其实，提出这个问题，是因为知道了不是的了，哈哈。说故事。如果是，就发不了nature了。）
实验方案：
功能是血管通透性。
1、细胞表型检测。做的是血管通透性实验，很经典的实验。具体的参考文章。
2、分子表型检测。VE-cadherin检测。这个分子是血管内皮细胞间连接分子。这个分子的内吞会增加血管的通透性。
注意：很多功能检测，除了细胞表型检测外，最好加上分子表型检测。以从两个水平来说明功能的改变。
步骤：
一、说明IL-1β影响血管通透性不是通过“IL-1β，MYD88，NF-kB”这条在免疫中经典的信号通路。
在IL-1β存在的情况下，加了很多“IL-1β，MYD88，NF-kB”信号通路上的抑制剂，结果发现都不能抑制IL-1β对血管通透性的调控。
注意，如果这里说抑制剂是可以影响的，那么后续就必须做抑制剂靶分子的干扰了。因为干扰是定点的（两条有效片段避免脱靶问题），抑制剂是不能排除脱靶的。
加一句，这一步，做了好多工作。赞一个。在这条信号通路上，反复说明这条信号通路没有参与IL-1β对血管通透性的调控。值得我们学习。
二、既然不是这条经典通路，那么是谁呢？文章的创新点所在。
做了ARF6，ARF6可以调控粘附相关蛋白的定位，这个是报道过的。但他跟IL-1β对血管通透性的调控是否有关系，没有人报道过。
1、在HMVEC-D中加入IL-1β，检测到ARF6的改变。（ARF6与IL-1β血管通透性调控相关性研究数据。属于非疾病研究中，基因与研究问题的相关性工作。）
2、在HMVEC-D中不加IL-1β，过表达ARF6组成激活型。发现了剂量相关性的血管通透性改变。（功能实验，检测包括细胞表型和分子表型）
3、关键实验来了。在HMVEC-D中加入IL-1β，同时把ARF6干扰掉，发现IL-1β引起的通透性改变，消失了或者说减弱了。（分子功能相关实验，很重要的实验。我把这个叫rescue实验，简单描述见“课题设计思路”机制探讨，2中的b部分。）
三、机制。既然ARF6在其中起到作用，那么机制是咋样的呢。
找到了ARNO。注意，干扰掉ARNO的表型跟干扰掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟，见“课题设计思路”机制探讨，2中的a部分。
最后是直接互作数据，论述了ARNO与MYD88的关系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO，一步一步说清楚了。从IL-1β到IL-1R到MYD88是已经知道的，往前推进了一步，到ARNO了。
当然，高大上的研究是不能少了动物实验的。具体大家看文章。
水平有限，不知道分析是否有错误。希望大家指正。
机制研究纠错日志发出后，获得了不少人的赞同，包括我一位硕士同学。她发了一篇nature，讨来学习后，发现思路非常清晰，很好的机制研究范文。经不住手痒，就分析下，供大家学习参考。
文章背景：天然免疫发生时会产生细胞因子，这些细胞因子除了激活免疫细胞和募集免疫细胞外，还可以影响血管的通透性。
文章中研究的细胞因子是IL-1β，这个细胞因子激活免疫细胞和募集免疫细胞，是通过已知的一条信号通路，IL-1β，MYD88，NF-kB。
题外话，免疫发生时，血管通透性会增加，这样可以使得血管中的免疫细胞出血管到达炎症部位，这个就是为啥炎症发生时，会水肿的原因之一。
文章提出问题：“IL-1β，MYD88，NF-kB”这条信号通路，对于血管的通透性是否也起到作用。（其实，提出这个问题，是因为知道了不是的了，哈哈。说故事。如果是，就发不了nature了。）
实验方案：
功能是血管通透性。
1、细胞表型检测。做的是血管通透性实验，很经典的实验。具体的参考文章。
2、分子表型检测。VE-cadherin检测。这个分子是血管内皮细胞间连接分子。这个分子的内吞会增加血管的通透性。
注意：很多功能检测，除了细胞表型检测外，最好加上分子表型检测。以从两个水平来说明功能的改变。
步骤：
一、说明IL-1β影响血管通透性不是通过“IL-1β，MYD88，NF-kB”这条在免疫中经典的信号通路。
在IL-1β存在的情况下，加了很多“IL-1β，MYD88，NF-kB”信号通路上的抑制剂，结果发现都不能抑制IL-1β对血管通透性的调控。
注意，如果这里说抑制剂是可以影响的，那么后续就必须做抑制剂靶分子的干扰了。因为干扰是定点的（两条有效片段避免脱靶问题），抑制剂是不能排除脱靶的。
加一句，这一步，做了好多工作。赞一个。在这条信号通路上，反复说明这条信号通路没有参与IL-1β对血管通透性的调控。值得我们学习。
二、既然不是这条经典通路，那么是谁呢？文章的创新点所在。
做了ARF6，ARF6可以调控粘附相关蛋白的定位，这个是报道过的。但他跟IL-1β对血管通透性的调控是否有关系，没有人报道过。
1、在HMVEC-D中加入IL-1β，检测到ARF6的改变。（ARF6与IL-1β血管通透性调控相关性研究数据。属于非疾病研究中，基因与研究问题的相关性工作。）
2、在HMVEC-D中不加IL-1β，过表达ARF6组成激活型。发现了剂量相关性的血管通透性改变。（功能实验，检测包括细胞表型和分子表型）
3、关键实验来了。在HMVEC-D中加入IL-1β，同时把ARF6干扰掉，发现IL-1β引起的通透性改变，消失了或者说减弱了。（分子功能相关实验，很重要的实验。我把这个叫rescue实验，简单描述见“课题设计思路”机制探讨，2中的b部分。）
三、机制。既然ARF6在其中起到作用，那么机制是咋样的呢。
找到了ARNO。注意，干扰掉ARNO的表型跟干扰掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟，见“课题设计思路”机制探讨，2中的a部分。
最后是直接互作数据，论述了ARNO与MYD88的关系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO，一步一步说清楚了。从IL-1β到IL-1R到MYD88是已经知道的，往前推进了一步，到ARNO了。
当然，高大上的研究是不能少了动物实验的。具体大家看文章。
水平有限，不知道分析是否有错误。希望大家指正。
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