6-1、基本数据分析：

（1）   序列前处理工作，包括成对测序数据的序列匹配，裁减低质量部分，数据格式转换等

（2）   序列拼接，Scaffolding，对454数据的homopolymer进行修正等。

（3）   用多种主流基因预测软件预测基因并挑选最合适的代表基因结构。

（4）   tRNA/rRNA识别和分类。

（5）   基因组GC含量分析，并识别特异区域。

（6）   基因功能注释（包括同源注释和蛋白结构域识别）。

（7）   基因功能分类，参照Gene Ontology或COG标准（由用户指定标准）。

6-2、生物信息高级分析：

（1）   提供图型化界面由用户人工确认基因结构和基因功能注释。

（2）   重复序列识别和分类。

（3）   基因家族识别和聚类。

（4）   基因功能聚类，参照FunCatDB标准。

（5）   代谢调控途径识别和重建。

（6）   转录因子（Transcription Factor）识别和分类分析。

（7）   分泌蛋白识别和分析。

（8）   蛋白激酶识别和分析。

（9）   转运蛋白(Transporter)识别和分析。

（10）  假基因（pseudogene）识别和分析。

（11）  SSR标记模式识别和预测。

6-3、表达组深度测序分析：

（1）   深度测序Mapping和表达差异统计分析。

（2）   cSNP识别。

（3）   依据表达量进行基因功能聚类，由已知基因推断未知基因功能。

6-4、比较基因组分析

（1）Synteny block分析。

（2）其他比较基因组分析。

6-5、基因组数据库构建

（1）   构建项目数据库：

（2）   项目整体介绍（包括一些个性化图片等）。

（3）   BLAST序列比对界面。

（4）    基因组总体结构浏览界面（GenomeBrowser）。

（5）     分类基因浏览界面（FunCatDB／Gene Ontology树形浏览各   类别的基因）

（6）   有特色的基因家族浏览界面（需用户提供验证过的数据）。

（7）   有特色的代谢调控途径浏览界面（需用户提供验证过的数据）。