目前,蛋白质组研究的实验技术流程一般为样品(蛋白混合物) 经二维凝胶电泳,染色,胶上蛋白酶切,进入质谱鉴定；或样品(蛋白混合物) 直接经酶切,色谱分离,进入质谱进行鉴定。 在二维凝胶电泳的实验中, 可以通过比较染色后的2 张2DE-gel 图像中蛋白点的光密度值进行差异定量, 或比较同种蛋白经同位素标记和未经标记的串联质谱峰面积进行差异定量。 但这2 种常用技术由于在样品处理上费时费力,不利于大规模的蛋白质组定量。因此,兴起了无标记的质谱定量方法, 这种方法只需分析大规模鉴定蛋白时所产生的质谱数据, 用蛋白相应肽段的质谱数据进行定量。 非标记定量技术在定量蛋白质组学研究中受到了众多科学工作者的推崇。目前，已经有一系列配套的非标记定量分析软件，其中包括的GE公司开发的DeCyder MSTM商业化软件，实践证明其具有很好的定量准确性和可信性。 原理： DeCyder MSTM软件对液相色谱串联质谱数据非标记定量分析是将质谱数据由谱峰形式转化为直观的类似双向凝胶的图谱，谱图上每一个点代表一个肽段，而不是蛋白质；再比较的不同样本上相应肽段的强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。 特点： 1、对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高 2、无需昂贵的同位素标签做内部标准，实验耗费低 3、对样本的操作也最少，从而使其最接近原始状态，并且不受样品条件的限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷。