基因测序“三部曲”
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英文名称: 基因测序“三部曲”
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组合式家具,先拆后搬
人的基因组中含有32亿个碱基,面对近乎天文数字的碱基,如何得到确切的序列?
“很简单,”研究人员说,“就像搬运组合家具可以先拆散再组装,基因也是先‘分段’、‘测序’,再拼接的。”
以家猪基因组为例,10亿个碱基就像一个组合大橱,在超声波的作用下,被打碎成无数个DNA片断,就像组合大橱被拆散成抽屉、门板。抗原肽研究人员拿出一个含有96孔的塑料小盒,告诉记者:这些小孔里就装着被超声波击碎后的DNA片段,经过特殊处理后以备检测。
斑斓色彩中,暗藏玄机
测序实验房里,38台最先进的测序仪正嗡嗡作响。每台测序仪上都有一个电脑屏,屏幕上排列着许多五颜六色的小方块,煞是好看。仔细端详,发现一共只有红黑蓝绿四种颜色。研究人员说,这分别代表四种碱基。
DNA片断如何变成可以识别的碱基?研究人员介绍,在测序仪内,每个DNA片段都快速通过一根内径只有75微米的毛细管,通过时接受激光照射,测序仪就能够自动识别每个DNA片段所代表的碱基序列。如此大量反复实验,最终获得一段段碱基链。“这过程,就好像是一群人排队照X光,”研究人员介绍,“最后得到大量的X光照片。”
目前,这种最先进的测序仪日测序能力达到50万个碱基,比中国参加“1%任务”的测序仪速度要快近5倍!据研究人员介绍,这样的仪器在北京基地还有32台。
超级计算机,充当“拼装工”
测序仪测出的仅是一段段碱基链,还需连接成一条完整的基因图谱,而抗原肽这种相当于“拼装组合家具”的工作,竟是由中国目前运算速度最快的曙光3000超级计算机完成的。
这位“神算子”有一人多高,乍一看,仿佛是五六个大型立式空调并排在了一起。华大基因南方基地生物信息学部部长曹凡介绍,这台计算机运算速度每秒4032亿次,2月份刚通过鉴定,国内一共3台,其中两台落户华大基因中心,一台在北京,一台在杭州。如果比喻它的运算能力,大概相当于500台最新奔腾ⅣIG电脑的累加速度。
“每天测序仪提供的200多亿个数据通过分析后拼接,”曹凡说,“最后形成一条完整的基因图谱。”记者看到,所谓的基因图谱,其实是一个枯燥的大型数据库,但曹凡说,它们正是生命最基本的密码。