1. N末端的测定:  N 端封闭或者修饰 或者含有异构的N 端。

1). 多酶水解的肽谱图   在该方法中，蛋白样品被多种酶水解，水解后N 端肽段通过MS/MS测序。通过一些非特异性的蛋白酶    （如chymotrypsin）水解常常能得到一系列的具有共同N 末端氨基酸的N 端肽段。结合特异性蛋白酶（如trypsin）水 解的N 端结果，蛋白N 末端或者末端能够准确确定。

2). 化学标记   我们使用胺反应性化学试剂来标记蛋白质的N-末端伯胺基团。我们专门开发的软件工具可以区分赖氨酸侧链或蛋白质N端的标记，准确鉴定N-端肽段。

2. C末端的测定 目前没有标准的化学方法来进行C 端测序，LCMS是首要选择。

     1). 多酶水解的肽谱图    类似N 端测定，C 端测定同样依赖于多种酶水解后的LCMS分析。不同酶水解后重叠的C 端多肽能够准确确定C 端序列。除了常规的C-末端测定，该过程也可以应用到检测修饰后的C-末端和异构的C-端。这个方法适用于蛋白样品。

     2). 化学标记   我们研发了一种能在蛋白C-末端羧基上进行化学标记的方法，并开发了能够准确鉴定在C-端羧基有化学标记的多肽的软件。

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