全基因组从头测序
产品名称： 全基因组从头测序
英文名称： Denovo-Seq
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广州市锐博生物科技有限公司
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技术简介
全基因组从头测序(Denovo seq)指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序，然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装，最终获得该物种基因组序列图谱的测序方法。该方法可以帮助研究者从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究，将加深研究者对物种的认识，在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用。
锐博生物推出基因组调查(Survey)测序，通过构建小片段文库，对未知基因组DNA进行高通量测序。通过较低深度的测序和初步的数据组装，基因组 Survey可用来快速评价待测物种的基因组概况，如GC含量、重复序列、基因组大小、杂合度等信息。基因组调查的结果可以作为后续优化组装的一个评估指标，评价非一致序列情况及组装难易程度，有助于制定适合待测基因组的后续针对性技术策略建议。
技术特点
高通量：一次测序得到百万级别以上条数的序列信息
高分辨率：可以精确检测至单碱基差异
重复性好：深度测序保证了检测的随机性，可不需技术重复
成本低耗时短：相比于Sanger测序，价格及成本要低很多
服务流程
生物信息学分析内容
微生物从头测序信息分析
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. K-mer分析
3. 基因组大小估计
4. 序列组装
5. 组装基因组的深度和覆盖度分析
6. 基因预测
7. 基因功能注释(GO-COG/KOG)
8. 基因生物通路注释(KEGG)
9. 基因组详细信息环形图
定制化信息分析
1. 共线性分析
2. 进化树分析
3. 基因家族分析
4. CRISPR预测
5. 基因岛预测(毒力岛)
6. 前噬菌体预测
7. 分泌蛋白预测
8. SNP分析
9. reads的核酸库比对分析
动植物从头测序信息分析
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. K-mer分析
3. 基因组大小估计
4. 序列组装
5. 组装基因组的深度和覆盖度分析
6. 基因预测
7. 基因功能注释(GO-COG/KOG)
8. 基因生物通路注释(KEGG)
9. 基因组详细信息环形图
定制化信息分析
1. 基因家族鉴定
2. 物种系统发育树构建
3. 物种分歧时间估算
4. 基因组共线性分析
5. 全基因组复制分析
6. reads的核酸库比对分析