iTRAQ是目前运用最广泛的标记定量蛋白质组技术，分别通过与氨基酸末端氨基以及赖氨酸残基的游离氨基结合，实现对多肽的标记，并通过不同分子量的试剂对不同来源样品进行标记的方式实现不同样品间蛋白质组比较的目标。以iTRAQ试剂为例，该试剂结构由指示基团、中性平衡基团和反应基团三部分组成。不同指示基团及其相对应平衡基团的质量和都相同，而反应基团能与赖氨酸ε氨基和所有肽链的氨基末端连接，可标记所有氨基酸。不同标记试剂与来源于不同样品胰酶消化后的肽段结合，经过色谱分离，并通过一级质谱和二级质谱。平衡基团在二级质谱时发生中性丢失，而报告基团在二级质谱低质量区域产生多个报告离子，其信号强度分别代表该标记样品的表达量，根据报告离子的峰面积计算同一蛋白质同一肽段在不同样品间的比值，从而实现蛋白的相对和绝对定量。 1 通量高 可以同时进行8个样品的分离鉴定和定量，提高了实验通量，可以进行多个时间点蛋白质组的动态监测 2 重复性好 来源不同的样品可以同时进行色谱分离和质谱鉴定，大大增强实验的重复性，最低可以检测到不同样品间5%的蛋白差异变化 3 分辨率高、定量准确 AB SCIEX公司的TripleTOF 5600系统和Thermo公司的Q-Exactive系统是世界上极少数具有准确质量数与高分辨率进行同时定量和定性分析的LC-MSMS系统。最先进的仪器再配上iTRAQ试剂和TMT试剂本身基于报告离子的定量原理和高达99%的蛋白标记效率，使得鉴定到的蛋白数量更多，同时也保证了结果的可靠性 4 鉴定结果可靠、蛋白检测范围广 二级质谱可以产生很好的y、b离子系列，蛋白序列覆盖率提高，鉴定结果更可靠，同时一个蛋白质有多个肽段被鉴定，进一步提高了定量的准确性。此外，iTRAQ和TMT实验在肽段水平进行蛋白分离和鉴定，大大提高膜蛋白等难溶性蛋白的溶解性，扩大蛋白检测范围。