传统的真菌分类鉴定主要是按照真菌的形态、生长以及生理生化等特征对真菌进行分类。然而真菌的种类繁多，个体多态性明显，而且其生长、生理生化特征也会随着环境的变化而不稳定。因此，采用传统的方法对真菌进行正确的分类存在较大的困难。随着分子生物学技术的发展，核酸序列分析已被广泛的应用于真菌分类鉴定中，目前常用的技术包括18S rDNA、ITS（Internal Transcribed Spacer，ITS）及18S rDNA-ITS序列分析技术。

18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA（18S rRNA）的DNA序列，序列中既有保守区又有可变区，保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守，因此在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。内转录间隔区ITS位于核糖体rDNA 18S、5.8S及28S之间，由于不需要加入成熟核糖体，因此在进化过程中能够承受更多的变异，其进化速率为18S rDNA的10倍，属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。另外，也可通过选择引物同时扩增18 S rDNA和ITS，通过分析18 S rDNA序列，先在较高级别上确定样品的归属，然后根据ITS 序列，将真菌归类到种或亚种水平。