蛋白质非标记定量技术（label-free）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

技术路线
       基于质谱的非标记定量技术主要包括两种：一种是根据一级质谱相关的肽段峰强度(peak intensity)和峰面积(peak area)等信息进行蛋白定量，即以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS色谱上的面积积分；另一种是根据蛋白质对应肽段的二级质谱总数(spectral counts)进行蛋白定量，这种方法发展比较早，已经形成多种定量算法，但主要原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。

技术优势

• 无需昂贵的同位素标签做内部标准，实验耗费低。

• 对样本的操作最少，从而使其最接近原始状态。

• 不受样品条件的限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷。

• 对实验操作稳定性、重复性要求高，要求至少做三次技术重复或生物重复；

• 准确性较标记定量差，对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高。

同位素标记和非标记定量的比较

技术平台

Triple TOF 5600, Q-Exactive, Orbitrap Fusion™ Tribrid™

应用领域

• 机理和调控机制研究

• 动态过程中机制研究

• 疾病标志物的筛选

• 用药及预后标志物筛选