定量蛋白质组学（Quantitative Proteomics）是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白，结合生物信息学揭示细胞生理病理功能，同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。 

对一个特定时间、特定突变体、特定环境变化条件下进行细胞或组织全蛋白质的鉴定是生物学中常见问题。以质谱为基础的定量蛋白质组学，主要可以分成两类，第一是稳定同位素标记的定量蛋白质组学，比如SILAC 和iTRAQ；另一类是非标记的定量蛋白质组学技术，比如使用Maxquant 软件进行的非标记蛋白质组学分析。武汉华美基于AB SCIEX公司的5600-plus质谱平台，采用基于图像方式简化大量LC-MS数据分析，并对肽和蛋白质进行相对定量，反复试验证实Label-free非标定量技术具有较好的定量准确性和可信性。

技术特点：

l  对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高

l  无需昂贵的同位素标签做内部标准，实验耗费低

l  对样本的操作也最少，从而使其最接近原始状态，并且不受样品条件的限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷。

图：蛋白质组高通量测序流程图(含label-free定量)。

应用领域

l  免疫沉淀方法制备的蛋白质混合物鉴定

l  Pull-down方法制备的蛋白质混合物鉴定

l  某一生理状态下组织、细胞或细胞器中所有表达蛋白质鉴定

信息分析内容

l  mascot数据库检索，结果可靠性评估和过滤；

l  鉴定结果质量评估、重复性分析；

l  GO功能注释、Pathway 代谢通路注释；

l  GO富集、Pathway富集；

l  样品间label-free定量，差异表达分析。