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基于家系的基因定位
1. Linkage
分析(Linkage软件包,GeneHunter软件包,Merlin软件包)
2.
单倍型推断;
3. TDT
分析(TDT, S-TDT E-TDT, etc)
4. FBAT(
基于家系的相关分析)
基于CASE-CONTROL或者基于群体的相关分析
1.
单位点分析(Chisquare检验,Logistic回归,Bayes分析,等等)
2. LD
Hardy Weinberg平衡;
3.
单倍型推断;
4.
单倍型分析(包括Haplotype Trend回归)

5. 群体样本中包含家系的分析;
6. Genome-wide Association(
包括多重检验校正)
7.
基于多次测量的分析。
其它
   1.
样本量计算-POWER analysis
   2.
基因芯片数据分析
   3.
系统发生树构建
   4.
群体亚结构检测和相关分析校正(Genome Control)
   5.
群体遗传学方面:群体参数计算,组成分分析,MDS,等等