蛋白组分析首先要将混合蛋白质分离, 分离的主要方法是蛋白双向电泳。已被分离的蛋白质由质谱分析对其进行鉴定，质谱检测主要有三种方式：1）基质辅助激光解析电离质谱技术（MALDI - TOF - MS ), 2) 电喷雾电离串联飞行时间质谱技术(ESI- TOF- MS)，3) 表面增强激光解析离子化-飞行时间质谱技术 (SELDI- TOF- MS)。前两种技术分别针对高分子量蛋白质和低分子量蛋白质的检测，第三种技术集蛋白质芯片和质谱于一身，具有灵敏度高，样本要求低等特点，可同时检测高分子量和低分子量蛋白质，目前被广泛应用于恶性肿瘤标志物筛选的研究。
明烨生物科技在蛋白组分析方面积累了丰富的经验，可以为客户提供从实验设计、实验操作到数据分析全程的解决方案。

双向电泳

双向电泳是目前为止最有效、使用最多的蛋白分离方法。
第一相电泳为蛋白等电聚焦（IEF）, 它使蛋白质依各自等电点的不同进行分离；第二相电泳为十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE), 它使蛋白质依各自相对分子量的不同进行分离。
＊DIGE系统
传统的差异蛋白质组学是在双向电泳后用考麻斯亮蓝、银离子或荧光染料等将蛋白斑点染色，然后比较差异；
Differential In Gel Electrophoresis（DIGE）是用Cy2、Cy3、Cy5等灵敏的荧光染料预先标记好蛋白，然后混合起来在一张凝胶上做双向电泳，最后用不同波长扫描得到相应的电泳图谱。具有灵敏性高、线性范围宽、重复性好、与质谱兼容好等优势。

＊ITRAQ系统

同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术是近年来最新开发的一种新的蛋白质组学定量研究技术。结合非凝胶串联质谱技术，该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究，具有较好的定量效果、较高的重复性，并可对多达四种不同样本同时进行定量分析。

美国应用生物系统公司(AppliedBiosystems Incorporation，ABI)开发的同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolutequantitation，iTRAQ)技术是一种新的、功能强大的可同时对四种样品进行绝对和相对定量研究的方法 。iTRAQ试剂为可与氨基酸N端及赖氨酸侧链连接的胺标记同重元素(isobaric)。在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。而在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息 。

质谱检测

＊明烨生物科技SELDI平台
SELDI蛋白质芯片可直接检测不经处理的尿液、血清、脑脊液、关节腔滑液、支气管洗出液、细胞裂解液和各种分泌物等，从而检测未知蛋白，因此较广泛的应用于肿瘤特异性标志物的筛选。

＊明烨生物科技MALDI平台

MALDI-TOF-MS
以多肽质量/电荷比为依据同数据库资料进行比较进而对蛋白进行鉴定, 此法通常被称为多肽质量指纹分析(PMF).
MALDI-TOF/TOF-MS
基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱,更高的蛋白质序列覆盖率，数据库搜索得分更高的蛋白鉴定,成功率极佳的MS和MS/MS灵敏度。
本公采用ABI公司MALDI4800质谱仪，能够高质、快速的完成规模化的质谱鉴定工作。

数据分析
＊分析步骤

一、对双向电泳得到的可辨认的蛋白点进行识别和比对；
二、计算不同组织中被标记的相应蛋白点的光密度；
三、统计所有存在差异的蛋白点；
四、通过MASCOT数据库检索来确定蛋白点所对应的基因；

＊分析方案

一、层次聚类分析

二、Gene ontology分析

三、network分析

四、Pathway enrichment分析