产品介绍

真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供重要依据。随着高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。

美吉优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠；

拥有Illumina HiSeq 2500/4000、MiSeq、Pacbio等多种高通量测序平台；

技术人员经验丰富，可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果；

拥有专业的生物信息团队和大型计算机，可提供个性化的生物信息分析服务；

提供合作论文撰写及发表；

产品类型

       真菌基因组survey；

       真菌基因组精细图（Illumina和Pacbio平台）

实验流程

真菌基因组survey实验流程

真菌基因组精细图

生信分析

个性化分析

根据客户测序菌株的实际情况以及重点关注的内容定制个性化信息分析内容

技术参数

真菌精细图承诺指标

（1）样本要求：单核体或杂合度低于0.5%的二倍体样本。

（2）Illumina平台：对于评估后符合要求的样本，基因组覆盖度大于 95%，基因区覆盖度达到 98%，scaffold N50 ≥ 300kb ，contig N50≥20kb，单碱基错误率平均低于十万分之一。

（3）Pacbio平台：对于评估符合要求的样本，承诺指标Contig N50≥1M。

送样要求

菌体样本：survery≥5g，精细图≥8g。

基因组DNA样本：浓度≥30ng/μl，Illumina PE文库所需DNA总量≥2μg，Illumina MP文

库和Pacbio文库所需DNA总量≥10μg，OD260/280介于1.8-2.0之间并确保DNA无降解，

无污染，切忌反复冻融。

4.案例解析

案例一：红曲霉基因组de novo测序及转录组分析揭示色素的合成及调控机制

       红曲霉隶属于散囊菌目，大团囊或红曲菌科，是十分重要的真菌。红曲霉最重要的特点是可以产生大量的色素（超过50种），在色素合成过程中PKS-聚酮合酶和FAS-脂肪酸合酶起关键作用。本研究对Monascus purpureus YY-1利用二代技术和OM技术进行基因组测序，组装得到基因组大小24.1Mb，共8条染色体（图1），预测得到7,491个编码基因。基于全基因组水平进化分析揭示了其进化地位（图2）。比较基因组分析显示M.purpureus基因组比近源真菌小13.6-40%，经历了显著的基因丢失过程。比较转录组分析揭示了其色素的合成及调控机制。

      图1 M. purpureus YY-1基因组可视化图谱         图2 M. purpureus YY-1进化分析

参考文献

[1] Yang Y, Liu B, Du X, et al. Complete genome sequence and transcriptomics analyses reveal pigment biosynthesis and regulatory mechanisms in an industrial strain, Monascus purpureus YY-1. Scientific reports, 2015, 5.

常见问题

（1）真菌基因组为什么要做survey？

相对于细菌来说，真菌的基因组、质粒、样品等情况都很复杂。目前，已经公布基因组序列的真菌物种很少，大多缺乏参考序列且基因组大小、GC 含量、重复序列、杂合率等信息都是未知的。通过 survey 可以对待测菌株基因组信息有很好的了解，为后续测序、组装研究提供指导。

（2）如何制定真菌基因组de novo测序策略？

真菌基因组的重复序列、GC含量、杂合率、染色体数目等是影响基因组de novo拼装效果的关键因素，如果待测菌株基因组或其近源物种基因组已有报道，可以根据已报道的基因组信息分析待测菌株的重复序列、GC含量、杂合率、染色体数目等特点制定合适的测序策略。如果没有相关信息，可以根据基因组survey评估基因组特点后制定相应的测序策略。

3、对于高重复、高杂合率的真菌基因组该采取哪种策略？

对于高重复的真菌基因组建议在二代数据的基础上结合第三代测序技术（pacbio），三代数据其长读长的优势更有利于重复区的拼接。对于高杂合率的基因组同时可以增加BAC或fosmid文库改善拼接质量。