金唯智密码子优化参数

    Codon OptimWiz平台致力于在密码子优化，综合考虑以下因素以获得最优表达效果。

• 稀有密码子
  每个氨基酸平均有三个对应密码子，这使得不同的核苷酸序列可以编码出相同的氨基酸序列，而编码同一氨基酸的不同的密码子在不同的生物和不同基因中的使用频率有着显著的差异，这与在细胞中相应的tRNA的浓度是呈正相关的。使用频率极低的就是该物种或基因的稀有密码子，稀有密码子的使用已经被证实为阻碍基因表达的一个重要因素，因此去除稀有密码子成为现有的密码子优化软件考虑的关键因素。
   
  参考文献：Plotkin, J.B. and Kudla, G. 2010, Synonymous but not the same: the causes and consequences of codon bias,Nat. Rev. Genet., 12, 32–42.
• RNA二级结构
  mRNA二级结构是影响翻译过程的重要因素，复杂稳定的二级结构会阻止翻译过程顺利进行，尤其是RBS附近的二级结构。虽然mRNA的二级结构预测是一个复杂的过程，但我们可以采取更加有效的办法通过避免反向重复序列的出现进行密码子优化。
   
  参考文献：de Smit MH, van Duin J. Secondary structure of the ribosome binding site determines translational efficiency: a quantitative analysis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1990; 87:7668–7672.
• 剪切位点的去除
  去除内含子属性的剪接位点，提高蛋白表达成功率。
  参考文献：Pagani F, Raponi M, Baralle FE. Synonymous mutations in CFTR exon 12 affect splicing and are not neutral in evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005; 102:6368–6372.
• 限制性内切酶位点
  根据合成目的，添加或去除特定的限制性内切酶位点。
• GC含量
  基因合成过程中，均匀的退火温度是非常重要的，而GC含量的分布是直接影响退火温度的因素。三联体密码子的第三位置的GC含量与啮齿类动物的mRNA表达水平之间存在正相关的关系。
   
• 特定功能的Motif的添加或删除
  许多有特定功能的Motif与基因表达有着密切关系，如增强子、Shine-Dalgarno box、TATA box、RNA聚合酶结合位点等顺式作用元件，这些序列对外源基因表达有促进或抑制的作用，因此根据实际情况和客户需求需要添加和删除此类序列。