技术简介
细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50-300 nt的调控RNA, 与细菌生长，代谢，应激反应，致病性等密切相关。细菌sRNA多通过与靶mRNA配对, 在转录后水平影响目的mRNA翻译或稳定性,对基因的表达进行调节, 进而影响细胞的多种生理功能。云序生物为客户提供一站式的细菌小RNA测序服务，能够帮助客户识别新的细菌小RNA，解析细菌小RNA表达谱，预测细菌小RNA的靶基因，从而促进其功能和机制研究。
云序优势
适用的细菌种类全面：
rRNA约占细菌RNA总量的95%以上，为了有效的检测调控RNA分子，需要通过预处理去除掉rRNA。云序生物拥有市面上最全的去rRNA试剂盒，能够去除各类细菌样品中的rRNA，高效的检测小RNA分子。
特异性富集小RNA：
特异性的富集50-300 nt的小RNA片段，sRNA有效数据比例高。
链特异性检测：
很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的sRNA，常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义sRNA。
一站式服务：
客户只需提供细菌或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。
专业化的生物信息分析：
云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样本要求
样品类型：
菌体或总RNA。其它类型样品请详询。
样品量：
a）菌体数量：2×10⁷
b）总RNA：2 μg （OD260/280：1.6-2.3；浓度≥500ng/μl；RNA无明显降解28S：18S≥1.5或者RIN≥7）
样品运输及保存：
样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。
数据分析
1、细菌sRNA的识别与注释

通过细菌sRNA高通量测序，采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定细菌sRNA，并根据数据库中来源进行注释。

2、差异细菌sRNA的筛选
筛选（Fold Change≥2， P值≤ 0.05）两组或多组样品间的差异表达sRNA。
注：Fold Change代表差异程度，P值代表差异的显著性，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

sRNA测序读数可以映射到参考基因组，任何感兴趣的基因可以在IGV（Integrative Genomics Viewer）。

案例分析
案例1. 鉴定新的sRNA
原文：Deep sequencing-based identification of small regulatory RNAs in Synechocystis sp. PCC 6803

期刊：PLoS One
本文通过细菌小RNA测序在细菌Synechocystis sp. PCC 6803中鉴定出5211个小RNA，并利用sRNA-PCR验证了其中的27个。通过进一步的sRNA靶基因预测发现：这些sRNA广泛参与糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸代谢等基础代谢通路，表明sRNA调控网络在细菌代谢过程中发挥着重要的作用。

图1. sRNA的靶基因GO分析

案例2. sRNA功能研究
原文：Differential RNA-seq of Vibrio cholerae identifies the VqmR small RNA as a regulator of biofilm formation

期刊：Proc Natl Acad Sci USA 影响因子：11.56
本文通过sRNA测序检测了野生型霍乱弧菌和群体感应缺陷霍乱弧菌中的sRNA表达谱，发现了107个非编码小RNA。其中，一个被称为VqmR的sRNA位于蛋白质编码基因vqmA上游。vqmA基因编码转录因子，激活VqmR表达。进一步的细菌sRNA靶基因预测发现VqmR至少靶向8个靶基因。其中，靶基因vpsT调控菌膜形成。后续实验证实：sRNA VqmR通过抑制靶基因vpsT表达阻碍细菌菌膜形成。

图2. VqmR和靶基因vpsT的结合情况