高通量测序及生物信息学分析技术
产品名称： 高通量测序及生物信息学分析技术
英文名称： High-throughput sequencing&Bioinformatics
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上海迪奥生物科技有限公司
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高通量测序及生物信息学技术
应用服务指南
Illumina公司的Hiseq2000，Roche公司的454和ABI公司的5500xl，Ion torrent等最新的测序平台为广大用户提供了强大的下一代测序方法，为目前生物学，医学以及功能基因组学等热门研究领域提出了全新的应用方案。我公司在此领域拥有丰富经验的测序及生物信息学专家，具备丰富的实验设计、测序和生物信息分析经验，能够提供从方案设计到生物信息分析的整体解决方案，专门为广大科研领域的客户提供技术服务。目前公司服务的主要科研领域包括：微生物领域，疾病相关研究，农、林、畜牧及动植物领域的研究。
微生物基因组的测序服务
基于新一代测序的技术路线，使细菌真菌基因组测序费用降低了很多，达到了传统测序技术的1/5到1/10，时间也大大缩短，通过高通量测序和生物信息学分析获得菌株的框架图、精细图也成为微生物专家的科研首选。我们基于新一代测序技术，推出以下微生物测序服务：
细菌基因组的测序
由于高通量测序技术的飞速发展，让更多的实验室可以承担细菌基因组测序的费用，很多微生物领域的专家采用高通量测序的方式对感兴趣的菌株进行测序及生物信息学分析，获得了丰硕的科研成果。我们可提供的生物信息学服务有：基因组组装，基因组注释，基因功能注释，基因功能注释等。
真菌基因组的测序
通过基于新一代高通量测序技术的全基因组测序，可以预测真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与宿主相互作用方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗菌药物等。因为真菌基因组具有复杂的多样性和庞大的种类（范围可在2.5Mb~几百Mb），因此产品解决方案非常具有技术性及个性化。
高通量测序得到数据后，我们可以进行的数据分析有：基因组组装，基因组注释，基因功能注释，比较基因组分析（有近缘物种），基因预测，基因功能预测，重复序列分析，基因家族分析等；个性化分析视课题情况而定。
宏基因组测序服务介绍
宏基因组研究的对象是整个微生物群落。微生物群落里的众多细菌是共同生长、共同影响，共同发挥其生理功能。在研究人体微生物或者环境微生物时采用宏基因组技术比单个细菌研究更能发现其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因组研究对于众多不能培养分离单个细菌的菌群提供了研究途径。新一代测序技术近年来的革命性发展给宏基因组学的发展提供了重要条件，我们可以通过高通量深度测序，灵敏的检测出微生物群落结构随不同宿主或者外界环境的改变而发生的极其微弱的变化，对于我们研究微生物与人的关系、微生物与环境的关系有着重要的理论和现实意义。
基于新一代测序的技术路线，我们提供16S rDNA特定区域如V3，V4，或V6区的扩增和Illumina hiseq2000测序和整个基因组测序服务两种技术路线。
1）16S rDNA 测序
将过滤后的Illumina paired-end reads 两端重叠区域连接，构成一段完整的16S rDNA的V3，V4，或V6区序列，通过与数据库比对，对其进行物种分类，并且根据聚类距离进行OTU分类，将OTU与物种分类相对应。
2）宏基因组测序
构建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并进行2X100的测序，根据测序结果进行一系列的生物信息学分析。比如:与已有数据库比对，基于相关的非冗余基因集，并统计每个基因在样品中相对丰度，基于基因的功能注释信息，基于基因的物种注释信息，得到各个分类级别（科、属）的分类表等；个性化分析，视课题情况而定。
原核转录组测序服务介绍
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。我们的生物信息学技术团队可以完成：测序评估、基因表达注释、基因差异表达分析、预测新转录本等；同时可以根据课题情况制定个性化分析内容。
动植物测序服务介绍
基于新一代测序的技术路线，使基因组测序费用降低了很多，为动植物领域的科学家提供了更好的研究工具。应用高通量技术，可以进行动植物的全基因组、转录组、表观遗传学、蛋白和基因相互作用研究等，为科学家带来更多的新发现和成果。我们的测序专家和生物信息学专家可以提供以下技术服务：
真核转录组测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。通过测序获得的数据可以进行的生物信息学分析有：基因表达注释、基因差异表达分析、基因结构优化、鉴定基因的可变剪接、预测新的转录本等；我们也可结合客户的需求，协商定制个性化信息分析内容。
MeDIP测序技术（MeDIP-Seq）
MeDIP-Seq是基于免疫富集原理进行高性价比的全基因组DNA甲基化研究。可以以较小的数据量快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。可广泛的用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。
ChIP测序技术（ChIP-Seq）
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipition, ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，ChIP与高通量测序的结合（ChIP Sequencing）可以在全基因组范围内对蛋白结合位点进行高效而准确地筛选与鉴定，广泛应用于组蛋白修饰，转录因子调控等相关领域的研究。
小RNA测序技术
小RNA为一类重要的体内调节分子，主要包括miRNA、piRNA、siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，从而调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。
小RNA测序技术采用胶分离技术，收集样品中18-30nt的RNA片段，利用高通量测序技术，一次性获得单碱基分辨率的数百万条小RNA序列信息，依托强大的生物信息分析平台，鉴定已知小RNA，并预测新的小RNA及其靶标。
专家团队代表文章：
² The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature. Doi:10.1038. 2010.
² A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. Doi:10.1038/nature08821. 2010.
² Genomic comparison of the ants Camponotus floridanus and Harpegnathos saltator. Science. (as a co-first author). Doi: 10.1126/Science.1192428. 2010.
² The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nature Genetics. Doi:10.1038/ng.475. 2009.
² Next-generation sequencing technologies and the application in microbiology. Acta Microbiologica Sinica. 2011.
² The whole genome sequences of four Brucella strains. B.J Bacteriol. 2011.
² Digital gene expression tag profiling of bat digits provides robust candidates contributing to wing formation; BMC Genomics‚ 11:619.2011.
² Dynamic evolution of bitter taste receptor genes in vertebrates. BMC Evolutionary Biology.2009.