DNase I Footprinting精确鉴定调控蛋白在DNA上的结合序列

服务简介

 DNase I footprinting assay（DNase I足迹分析实验）可以精确鉴定DNA结合蛋白（如转录调控蛋白）在DNA分子上的结合位点。转录调控蛋白通过与启动子区域结合来调控靶标基因的转录。目前，凝胶阻滞实验（EMSA）和DNase I足迹分析实验是重要的一套体外研究工具：凝胶阻滞实验可以确定转录因子是否与DNA直接结合，而DNase I足迹分析实验则可以精确鉴定其结合的DNA序列，从而帮助我们研究基因转录调控的机制。经典的DNase I足迹分析实验需要使用同位素进行标记，并在反应完成后通过DNA测序胶电泳来进行检测；该方法不仅危险（同位素）、费时；而且对操作者的技术要求比较高、成功率低。针对这种情况，上海吐露港生物科技目前推出利用“荧光标记”结合ABI测序仪的方法来进行DNase I足迹分析实验。 

服务优势

1. “荧光标记”法安全、无污染； 

2. “荧光标记”实验的速度快、重复性好、灵敏度高。 

优势说明：

（1）荧光标记法，由于可以进行DNA的精确定量，并可以在常规的实验台上面操作；同位素标记法只能通过放射性强度来估测，且操作时需要特别的保护装置，操作不便。因此，荧光标记法的可重复性要远远好于同位素操作。 
（2）原始的PAGE测序胶对操作者的技术要求很高，且条带的清晰度受到多种实验因素的影响；ABI测序仪的操作体系非常成熟，灵敏度高，重复性好。因此，荧光标记法更灵敏度，获得的保护区域更清晰，图片的质量更好。 

服务流程

流程说明：

（1）若客户的实验样品在质检步骤没有通过，公司仅收取少许的质检费用；

（2）公司对提供的任何DNase I footprinting实验图片，均保证数据的真实性和实验的可重复性；

（3）客户在利用本公司提供的图片进行论文发表时，若论文审稿人提出任何关于图片/实验方面的要求，吐露港生物承诺将帮助客户来一同解决（若是客 户原来的实验范畴，公司将免费帮助客户解决问题）。

服务说明 

（1）该服务适用于：已经通过EMSA等实验证明转录调控蛋白可以结合DNA，但是需要通过DNase I足迹分析实验来进一步精确鉴定蛋白结合的DNA序列，以便研究其转录调控的机制。

（2）客户需要提供纯化的蛋白，克隆的启动子及其序列（启动子长度应介于100-400bp，并需要克隆至通用的T载体上，经测序无误后可用于实验），同时需要提供EMSA结果图及实验参数以便于接下来的DNase I足迹分析实验。 
（3）公司同时提供蛋白表达载体构建、蛋白表达条件优化、蛋白纯化、EMSA摸索等实验，但需另外收费。 
（4）在获得调控蛋白的结合位点之后，吐露港生物也提供进行进一步的体外（DNA结合位点的突变后进行EMSA或DNase I Footprinting实验）、体内（DNA结合位点突变结合reporter实验）实验来精确证明，但需另外收费。 

近年来使用该技术发表的部分论文

1, Structural and functional analysis of the transcriptional regulator Rv3066 of Mycobacterium tuberculosis. Nucleic Acids Res. 2012 Oct;40(18):9340-55. doi: 10.1093/nar/gks677.

2, LVIS553 Transcriptional Regulator Specifically Recognizes Novobiocin as an Effector Molecule. J Biol Chem. 2010,285(22):16921-30 
3, Detailed analysis of the DNA recognition motifs of the Xanthomonas type III effectors AvrBs3 and AvrBs3Δrep16. Plant J. 2009 Sep;59(6):859-71. doi: 10.1111/j.1365-313X.2009.03922.
4, PapR6, a putative atypical response regulator, functions as a pathway-specific activator of pristinamycin II biosynthesis in Streptomyces pristinaespiralis. J Bacteriol. 2015 Feb;197(3):441-50. doi: 10.1128/JB.02312-14.
5, Characterization of a new GlnR binding box in the promoter of amtB in Streptomyces coelicolor inferred a PhoP/GlnR competitive binding mechanism for transcriptional regulation of amtB. J Bacteriol. 2012 Oct;194(19):5237-44. doi: 10.1128/JB.00989-12.

6, Three of four GlnR binding sites are essential for GlnR-mediated activation of transcription of the Amycolatopsis mediterranei nas operon. J Bacteriol. 2013 Jun;195(11):2595-602. doi: 10.1128/JB.00182-13.