真核转录组测序

转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。转录组为生命可续研究提供了全新的角度，可用于预测基因结构、可变剪切和其他转录修饰、并可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化。通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

应用领域

样本全转录本信息获取

基因注释及筛选

基因结构分析

高级信息分析

1)Unigene组装及数据库注释结果统计

2)Unigene比对物种分布图

3)Unigene CDS与近缘模式生物同源基因CDS比较分布图

4)Unigene蛋白结构域分析

5)SNP及差异SNP分析（两个以上的遗传背景）

6)SSR（包含引物设计）及差异SSR分析（两个以上的遗传背景）

7)同源基因受选择压力（ka/ks）分析（不同遗传背景的亚种或物种）

8)物种进化关系分析（需提供多个物种或者亚种）

9)可变剪切分析（有参考基因组的模式生物）

10)融合基因分析（有参考基因组的模式生物）

11)长链非编码RNA（LncRNA）预测（有参考基因组的模式生物）

12)差异表达基因的聚类和热图分析（基因集可定制）

13)基因表达的主成分分析（寻找主效基因的统计方法

14)基因差异表达的的趋势分析及显著趋势的基因模块的GO，KEGG富集分析（需多个样品）

15)基因互作网络分析（构建基因网络，寻找节点基因）

16)贯穿分析（需同一样品的不同水平数据，如跟sRNA测序结果关联

17)根据客户需求可进行个性化分析，协商确定分析内容 样品要求

样品需求：

动物样品，总量≥10μg，浓度≥ 150 ng/μl；植物、真菌样品，总量≥20μg，浓度≥ 250 ng/μl;原核生物，总量≥5ug，浓度≥65 ng/μl； 样品纯度：动物样品， RIN ≥7,28S/18S≥1.0；植物、真菌样品，RIN ≥6.5, OD260/280≥1.8，28S/18S≥1.0;原核生物, RIN ≥7, 23S/16S≥1.0, OD260/280≥1.8； 样品请置于1.5 ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管。干冰运输。 项目运转周期 标准流程的运转周期为50个工作日

（二）宏转录组测序

宏转录组是在整体水平上对某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的研究。对环境微生物群落的转录产物进行高通量测序组装，无需参考序列，通过基因预测，序列比对等软件，挖掘RNA水平的功能基因，揭示微生物在不同环境条件下的基因调节和表达的差异性，并据此推断相应未知基因的功能，探究特定调节基因的作用机制。

应用领域

样本全转录本信息获取

基因注释及筛选

基因结构分析

分析内容

1. 标准信息分析

    a)去除低质量reads

    b)去除接头序列

    c)去除含“N”的比例 ≥ 10%的reads

    d)通过软件去除细菌rDNA reads

    e)cDNA组装与组装结果统计

    f)样品复杂度分析

    g)cDNA Reads的组装利用率统计

    h)Kmer统计与GC-depth分析

    i)cDNA reads与已测细菌基因组、真菌、原生动物数据库比对统计

2. 高级信息分析

    a)对Contig ≥ 500 bp的组装结果进行基因预测

    b)物种注释，预测得到的基因的物种注释统计结果

    c)功能注释 预测得到的基因的功能注释结果统计 预测得到的基因与KEGG、eggNOG、GO数据库的比对结果              d )RPKM法计算基因的表达量

3. 定制化信息分析

a)标准信息分析流程之外的Tags（由PE reads 拼接而成）的物种注释或功能注释

b)可结合客户的需求，协商确定其他定制化信息分析服务内容。

样品要求

样品类型：双链cDNA或mRNA或完整总RNA（去蛋白并进行 DNase 处理）

1. cDNA样品 样品需求量（单次）：≥ 3 μg（浓度≥ 50 ng/μl；纯度OD260/280 =1.8~2.0）

2. RNA样品 样品需求量（单次）：≥ 10 μg（浓度：≥ 200 ng/μl，OD260/280 =1.8~2.2；OD260/230 ≥ 2.0；RIN ≥6；23S:16S=1.2~2.2.）

注：推荐客户提供去除RNA的cDNA样品，若样品为含rRNA的总RNA，则测序结果中，rDNA reads将占绝大部分数据量。

项目运转周期

一般70-100个工作日，样本数目过大或者分批次送样，交付时间相应延长。