mRNA测序
产品名称： mRNA测序
英文名称： mRNA-Seq
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产品价格： 7000
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广州市锐博生物科技有限公司
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技术简介
转录组是指在某一特定发育时期或者某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA和非编码RNA。mRNA测序(mRNA seq)是指利用高通量测序技术对cDNA进行测序从而得到一个样品中几乎所有RNA的信息，广泛应用于获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，进而应用于生理调控、农业性状、生物标记、环境改造、疾病机制和药物筛选等领域;RNA测序还应用于检测某一种癌症在特定发病时期的融合基因序列信息，进而应用于研究癌症发生机制、开发生物标记和药物筛选等领域。RNA测序(mRNA seq)主要包括以下几种测序类型：
PolyA-Seq
PolyA-seq是基于真核生物的mRNA 3" 端具有polyA尾结构，采用oligo(T)富集总RNA中的mRNA的建库方法进行高通量测序。PolyA-Seq适用于mRNA及其他具有polyA结构RNA的研究。
Nascent RNA-Seq
RNA 转录活性是细胞活动的基本特征，其变化常常意味着细胞活力的显著变化，以及细胞功能的改变。EU是一种尿嘧啶核苷类似物，能够在RNA转录时间代替尿嘧啶 (U)深入正在合成的RNA分子中，通过与叠氮生物素的特异性反应捕捉新生的RNA。这些特异表达的RNA可以进行高通量测序分析，快速准确地分析细胞中各种RNA变化情况，有助于对细胞活动变化的深入研究。
技术特点
任意物种的检测： 无需了解物种的基因或基因组信息，便可直接对任意物种进行最全面的转录组分析。
不依赖已知信息：不局限于对已知转录本到定量分析，还可预测新转录本
高精确度： 数字化信号，可精确检测到基因家族中相似基因以及可变剪切造成的不同转录本的单碱基差异
高覆盖度： 新一代高通量测序技术的高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有转录本
服务流程
生物信息学分析内容
有参考基因组序列的转录组
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 参考基因组比对
4. 全基因组reads分布图谱
5. 基因表达分析
6. 差异基因KEGG生物通路富集分析
7. 差异基因GO功能富集分析
8. 预测新转录本
9. 可变剪切
定制化信息分析
1. time series差异表达
2. 基因融合
3. RNA编辑
4. 新长非编码预测和组间差异分析
5. SNP分析和eQTL分析
6. 基因结构优化及优化基因的表达值计算
7. 蛋白互作网络分析
8. 样品间可变剪切和新转录本的比较
9. 新lncRNA的功能分析(五个lncRNA)
10. 组间差异分析
11. 共表达网络构建(样品数大于10)
无参考基因组序列的转录组
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 组装
4. Unigene的GO功能注释
5. Unigene的COG分析
6. Unigene的KEGG功能富集分析
7. ORF区域及编码蛋白框(CDS)
8. Unigene表达差异分析
定制化信息分析
1. 差异Unigene的GO功能注释
2. 差异Unigene的COG分析
3. 差异Unigene的KEGG功能富集分析