环境微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

Roche 454测序技术优势
1. 测序序列长，可以覆盖16S /18S rDNA、ITS等高变区域。
2. 测序通量高，可以检测到环境样品中的痕量微生物。
3. 实验操作简单、结果稳定，可重复性强。
4. 无需进行复杂的文库构建，微生物DNA扩增产物可以直接进行测序，实验周期短。
5. 测序数据便于进行生物信息分析。

美吉优势
★ 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。
★ 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。
★ 环境微生物群落多样性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq两种高通量测序平台可供选择，根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
★ 众多的成功案例，使美吉生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。

多样本平行测序
1. 多个环境样品可以同时进行高通量深度测序。
2. 样品之间的测序数据通过扩增时引入的标签（tag）进行区分。
3. 美吉生物开发出了一套稳定的多样本平行测序实验方案。
4. 美吉生物提供的tag序列均经过Roche和美吉生物的实验检验。
5. 多样本平行测序成功的关键是样品间的测序数据量趋于一致。美吉生物拥有样品间数据量不平衡问题的解决方案。
6. 美吉生物可以帮合作伙伴实现200个样品的平行测序。

环境样品测序深度
1. 不同环境样品中微生物的丰富度差别很大，所需的测序深度也不同。
2. 研究目的决定了环境微生物的检测精度，而检测精度决定了测序深度。
3. 美吉生物拥有丰富的成功案例，针对不同的环境样品和研究目的，能为合作伙伴提供合理的测序深度建议。

定向测序
1. 美吉生物设计的实验方案可以实现PCR产物的定向测序。
2. 定向测序技术避免了非定向测序造成的数据冗余，充分利用了每条有效测序序列，且便于后期的菌群分类处理。
3. 定向测序能为合作伙伴节省454文库构建的费用。
4. 扩增引物的合成质量是定向测序成败的关键。

生物信息分析
1. 数据统计分析
A. 有效测序数据统计
B. 可供精准分析的数据产量统计

2. 数据回归样品
根据tag信息将测序数据回归各自样品

3. 单样品微生物种类及丰度分析
A. 序列聚类OTU（Operational Taxonomic Units）
B. 取样深度判定（Rarefaction Curve）

C. 计算菌群多样性和丰度指数
D. 单样品群落结构分析—饼图

4. 多样品间比较分析
A. 全样品相似度比对——树状图、Heatmap图

B. 多样品OTU比较——Venn图

C. 多样品群落结构分析——柱状图

D. PCA（Principal component analysis）分析

E. Weighted and unifrac PCA分析

F. 组间显著性差异分析

成功案例
        美吉生物已成功完成环境微生物群落多样性分析近100例，涉及土壤、水样（海洋、湖泊、鱼塘）、污泥、发酵罐、生物膜、叶子表面、肠道、瘤胃、口腔等多种环境样品。