·      斑马鱼个体小，成鱼体长3-4cm，幼鱼体长只有1-2mm，适合高通量分析。  

·      饲养成本低，占地空间小（200平米空间可养殖50000只成鱼），药物用量少（μg级），仅为鼠类实验的1/100至1/1000。

·      产卵周期短， 单次产卵量大（100-200枚），适合大规模繁育。

·      体外受精、发育，极易获得用于生物医学研究和药物实验的胚胎。

·      胚胎发育迅速，从受精卵发育到完整的胚胎只需24小时，受精后3-5天，每条鱼都能够自由游动、觅食，身体内部主要类似于人体的器官均已建成。

·      实验周期短，大部分实验能够在一周内完成。

·      作为优选的模式脊椎动物，斑马鱼模型可以用来评价人类基因的作用与功能、解析其在遗传与发育上发挥作用的分子机制。通过基因组改造（基因敲除、敲入和转基因等）构建人类疾病的斑马鱼模型，表型模拟人类疾病的病症，进而用于研究分子遗传病的病理机制、筛选治疗疾病的化学药、开发基因治疗的生物药等生物医药的研发。

·      身体透明，斑马鱼在发育的前5天身体透明，可直接观察内部器官。结合活体染料、抗体、核酸探针等方法能够观察自由活动的或者固定后的斑马鱼活体样本。

·      斑马鱼和人类的疾病信号转导通路高度保守。斑马鱼体内存在的人类同源基因比例高达87%，某些疾病相关基因与人类基因保守性高达99%, 这意味着在其身上做药物实验所得到的结果在多数情况下也适用于人体。

·      在已知生物中，鱼类是最早具备获得性免疫系统的纲。这就使得对斑马鱼免疫系统的研究成为人们了解非特异性免疫系统和获得性免疫系统进化与功能相互关系的重要工具。这个独特的免疫系统进化地位还赋予了斑马鱼作为免疫学研究模式生物的另一重要优势，即其成体可以在没有胸腺、淋巴细胞生成的情况下存活传代。