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SNP分型技术服务

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产品名称: SNP分型技术服务

英文名称: single nucleotide polymophism

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尚柏生物医学技术(北京)有限公司
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SNP(single nucleotide polymophism) ,即单核苷酸多态,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个 SNP 位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。 SNP 在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每 1000 个碱基中就有一个多态位点,是继微卫星之后的第三代遗传标记。有些 SNP 位点还会影响基因的功能,从而导致生物性状改变甚至致病。

   SNP 研究包括 SNP 发现( discovery )、 SNP 验证( validation )以及 SNP 筛选( Screening or Scoring )。 广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面, 将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记 ) ,和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

   为适应日益增长的 SNP 研究需求,和各类客户的不同需要,我们利用多套技术方案为不同客户提供量身定做的个性化服务。

1、测序法:最经典的方法,无须再用其它手段验证。具体步骤:引物设计与合成 ----PCR--- 纯化 ---- 测序。

2、巢式 PCR-RFLP 法:
     不同于传统的 RFLP 技术,不仅是有酶切位点的 SNP ,可对任意一个 SNP 位点进行酶切位点改造,使该位点变成常见酶切位点而进行鉴定,同时,利用巢式 PCR 技术,能同时对多个位点进行分型分析。
     *1至2ngDNA 样品也能完成检测,费用相对较低。
     *从小试到中试到大批量试验,按预先设计的实验方案有序进行。从样品开始,每步都有严格的质控。
     *保证每个位点基因型检测的成功率在 90% 以上。
     *客户可以放入已知结果的样品进行盲检。

3、Realtime-PCR 法:
   应用 ABI  7900HT 系统(含软件),适合位点数量少,样本通量高的检测(探针合成费用高)。
  *高通量:终点法进行 snp 分型时, 7900HT 每分钟读一块 384 孔 PCR 反应板。
  *操作简便:只需一步 PCR 反应,无须进行纯化和预处理,直接上机检测。
  *结果清晰:软件分析结果界面友好,标出了每个样本的基因型及荧光强度,非常直观。

4、SNP stream UHT genotyping 技术
   采用 BEAKMAN 独家专利技术(单碱基引物延伸技术),准确率高达 99% ,和测序一样是检测 SNP 的金标准。需要样品量低,速度快。
   大致流程:序列比对 ---- 引物设计( 12 重或 48 重) ---- 引物合成 ----DNA 抽提和定量 ---PCR--- 纯化 ----- 单碱基延伸反应 ---- 杂交 ----- 扫描 ---- 分析。

5、芯片检测法( affymetrix genechip ):
   种类:
   ( 1 ) Affymetrix Human Mapping 100K Array Set :含盖人类全基因组 100 , 000 余个 SNP 位点。
   ( 2 ) Affymetrix Human Mapping 500K Array Set :含盖人类全基因组 500 , 000 余个 SNP 位点。

    特点:
      * 在各人群中的检出率大于 95% ,其中亚洲人群中的检出率大于 97% 。
      * 独特的设计方案,保证了对 SNP 位点检测的准确性、特异性。
      * 其检测结果通过多种经典检测技术验证:测序法,单碱基延伸法……符合率高达 99.6%

 流程:
  DNA 抽提 -----DNA 消化 ---- 加接头 ---- 扩增 ---- 产物片段化 ---- 生物素标记 ---- 芯片杂交 --- 洗涤 ---- 染色 ---- 扫描 ---- 数据分析。