1.HE染色
      HE染色，即苏木精—伊红染色法，是石蜡切片技术里常用的染色法之一。苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核糖体着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。
2.油红O染色
       油红O染色是用于观察脂质含量的常用方法。油红O属于偶氮染料，是很强的脂溶剂和染脂剂，当组织切片置入染液时，染料则离开染液而溶于组织内的脂质/脂滴中，使组织内的脂滴呈橘红色。
3.番红O染色
       番红O染色是针对软骨组织的一种常用染色。番红是一种结合多阴离子的阳离子染料，它用于显示软骨，是基于阳离子染料粘多糖中阴离子集团的结合，以一染料分子结合与6硫酸软骨素，或硫酸角质素的一个负电荷集团。
4.Masson染色
       Masson染色是用来显示组织中纤维以及炎性因子的染色方法之一，是指用两种或三种阴离子染料混合一起或先后作用完成染色，主要用于胶原纤维和肌纤维的鉴别染色，胶原纤维呈蓝色，肌纤维呈红色。
5.PAS染色
       PAS染色法又称过碘酸雪夫染色、糖原染色。在组织学上，主要用来检测组织中的糖类，一般用来显示糖元和其它多糖物质。过碘酸把糖类相邻两个碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff试剂和醛基反应使呈现紫红色。
6.甲苯胺蓝染色
      甲苯胺蓝含有阳离子有染色作用，组织细胞的酸性物质与其中的阳离子相结合而被染色。可染细胞核使之呈蓝色；肥大细胞胞质内含有肝素和组织胺等异色性物质遇到甲苯胺蓝可呈异染性紫红色，可用于尖锐湿疣的初筛及肥大细胞的检测。
7.尼氏（Nissl）染色
      尼氏(Nissl)染色用于石蜡或冰冻切片神经元细胞浆中的尼氏小体(Nissl body)染色， Nissl染色后呈蓝紫色，常用于显示脑或脊髓的基本神经结构。Nissl小体大而数量多，说明神经细胞合成蛋白质的功能较强；相反在神经细胞受到损伤时，Nissl小体的数量会减少甚至消失。
8.普鲁士蓝染色
      组织样本中的铁在酸性环境下，与亚铁化钾作用，形成普鲁士蓝反应，产生蓝色的亚铁化钾沉淀，从而定位于含铁的部位，反映铁的含量，常用于定位样本中的铁含量。
9.LFB髓鞘染色
       LFB(LuxolFastBlue)髓鞘染色可以很好地显示出神经组织的髓鞘结构。一般染脑、脊髓、外周神经，神经髓鞘呈亮蓝色，背景无色至浅蓝色，主要用来显示神经髓鞘的形态结构及病理变化。
10.VG染色
      Van-Gieson染色液常用于区分胶原纤维和肌纤维，可区分是胶原纤维源性肿瘤还是肌源性肿瘤，观察组织或器官的损伤、修复与纤维化程度。
11. EVG染色
      EVG染色能显示黑色弹性纤维与红色胶原纤维，一些弹性组织萎缩的肺气肿病，动脉粥样硬化的弹性纤维变薄和缺失等血管疾病，或者皮肤的弹性纤维发生裂隙或破碎等改变并使皮肤松弛和形成皱纹等均可使用此方法进行鉴别。
12.刚果红染色
     刚果红能把纤维素染成红色复合物，对纤维二糖和葡萄糖无作用，可用此来鉴别纤维素或纤维素分解菌的分解作用。
13.神经纤维染色
     神经纤维染色，主要采用方法是甘氨酸银浸镀法。