同源盒（HOX）PCR芯片多细胞有机体发育过程相关的84个基因。HOX基因编码一组含同源结构域的转录因子，早期研究表明它们调控发育过程中的分段模式。最近，对干细胞和癌症的研究，使它们的重要性被再次强调。虽然这些HOX基因已按照其在多细胞有机体发育过程中的既定功能分组，它们在细胞系统中的真正功能正待进一步的研究发现。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测HOX基因相关的基因表达。
Anatomical Structure Morphogenesis: EN1, HOXC10, HOXC13, HOXD3, LBX1, PITX1, POU5F1, SIX2, SIX4. Organ Morphogenesis: CDX1, CDX2, LHX1, MSX1, PAX3, PDHX, PITX2, PITX3, PROX1, SIX6. Body Pattern Formation: HHEX, HOXB1, HOXD8, LMX1B, PITX2. Ectoderm Development: PROX1, VAX2. Endoderm Development: HOXC11. Brain & Nervous System Development: Brain Development: ALX1, DLX2, DMBX1, HESX1, OTX2, SIX3. Nervous System Development: ARX, DLX5, DLX6, LBX1, LHX1, OTP, PAX3, PHOX2B, PROP1, SHOX2. Skeletal Development: ALX4, DLX3, DLX5, DLX6, EN1, HOXD13, MSX1, MSX2, PITX1, SHOX, SHOX2. Muscle Development: MKX, SIX1. Heart Development: ISL1, SHOX2. Other HOX Genes Involved In Multicellular Organismal Development: BARX1, CUX1, DLX1, DLX4, DRGX, EMX1, EN2, HOXA1, HOXA7, HOXA9, HOXB2, HOXB3, HOXB4, HOXB7, HOXB8, HOXB9, HOXC12, HOXC6, HOXC8, HOXC9, HOXD1, HOXD11, HOXD12, HOXD4, HOXD9, ISL2, LBX2, LMX1A, MEIS1, MEOX1, NKX3-1, OTX1, TLX1, VAX1, VSX1. HOX Genes Involved In Cell Differentiation: ARX, HHEX, HLX, HOPX, LBX1, LHX1, LMX1B, MIXL1, OTP