染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation, ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛的应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。随着新一代测序技术的成熟与发展，整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq，是继ChIP-chip之后，蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀，分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段，对其进行纯化和文库构建，再通过高通量测序的方法，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。

技术优势

1. 采用隶科基因独有的BioinfoSct^TM生物信息技术分析数据
2. 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠
3. 拥有专业的生物信息团队和大型计算机，可以为客户提供个性化的生物信息分析服务
4. 技术专家经验丰富，可以根据客户要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果

技术应用

ChIP-Seq分析鉴定雌激素受体结合异常与乳腺癌临床试验的相关性研究

雌激素受体（ER）是一种能与基因结合的物质，其受体复合物可移位到细胞核结合下游基因并激活它们转录，为肿瘤生长提供助力。在许多乳腺癌患者体内，由于 该受体影响了基因的功能，从而引发致癌连锁反应。现在常用的他莫昔芬等乳腺癌治疗药物，就是通过阻断雌激素受体对基因的作用而发挥效果。但在不少患者身 上，这种药物的效果并不理想。本研究通过ChIP-seq技术在全基因组范围内寻找ER结合位点，从而鉴定雌激素结合模式是否在患者肿瘤中存在差异。

Ross-Innes C S, Stark R, Teschendorff A E, et al. Differential oestrogen receptor binding is associated with clinical outcome in breast cancer[J]. Nature, 2012, 481(7381): 389-393.

利用ChIP-seq技术发现超级增强子有识别作用基因表达的功能

建立和维持胚胎干细胞（ESCs）动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，与中间物复合体一起可以结合增强子，易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用ChIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。

Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.